به‌دلیل ویژگی‌های خاص دریاچه‌های هامون، صابری و هیرمند، این مجموعه به همراه اراضی اطراف آن با ۲۹۳۰۳۰۱ هکتار مساحت در سال ۱۳۴۶ در شمار مناطق حفاظت شده قرار گرفت.
بخش آبی این منطقه نیز در سال ۱۳۵۴ به‌عنوان تالاب بین‌المللی شناخته شد. این دریاچه‌ها با عمق متوسط ۵ متر دارای آب شیرین و لب شور بوده و اصلی‌ترین منبع تغذیه آنها رودخانه هیرمند است که از کوه‌های کشور افغانستان سرچشمه می‌گیرد اما جلوگیری از ورود آب این رودخانه به هامون، در دوره‌های خشکسالی موجب تغییرات اکولوژیکی شدیدی در منطقه شده است. هامون یگانه پناهگاه پرندگان مهاجر در شرق ایران محسوب می‌شود.
بادهای شدید و معروف ۱۲۰ روزه که ازسمت شمال می‌وزند باعث ایجاد طوفان شن در منطقه می‌شود. پوشش گیاهی دریاچه شامل ۵۵ گونه از جمله اویارسلام، مرغ، بارهنگ آبی، علف بوریا، نی و جگن است. این منطقه در زمان پرآبی، زیستگاه ۲۲۹ گونه جانوری است که برخی ازآنها عبارتنداز:پلیکان، فلامینگو، باکلان، تیهو، عقاب تالابی و اردک تاجدار.
تالاب هامون در پی ۸ سال خشکسالی سال گذشته براثر بارندگی احیا و باعث خوشحالی اهالی بلوچستان شد، اما این خوشحالی دیری نپایید و همان طور که پیش‌بینی می‌شد دوباره خشک شد چرا که حق‌آبه این تالاب که باید از طریق هیرمند و با همکاری افغانها تامین شود به‌دلیل خشکسالی در افغانستان همچنان در محاق گفت‌وگوهای ایران و نهادهای ذی‌ربط بین‌المللی و افغانها بی‌نتیجه مانده و همچنان از ورود آب به این تالاب ممانعت می‌شود.