سیر از مدت‌ها پیش، برای کاربردهای پزشکی مورد استفاده قرار‌ ‌گرفته است و بیشترین مورد استفاده آن در سال‌های اخیر برای موارد قلبی - عروقی و‌ ‌خاصیت ضد میکروبی آن بوده است.‌

سیر هزاران سال برای اهداف پزشکی مورد استفاده داشته، این گیاه حداقل۳۰۰۰‌ ‌ ‌سال در طب چین کاربرد داشته است.‌ ‌مصریان، بابلی‌ها، یونانی‌ها و رومی‌ها از سیر‌ ‌برای موارد شفابخش استفاده می‌کرده‌اند.

در جنگ‌های جهانی اول و دوم نیز از سیر‌ ‌بعنوان ماده ضد عفونی کننده برای پیشگیری از قانقاریا استفاده می‌شده است.‌

‌در طول تاریخ، سیر در سراسر دنیا برای درمان‌ ‌ناراحتی‌های مختلف شامل فشار خون بالا، عفونت‌ها و مارگزیدگی‌ها استفاده شده و برخی‌ ‌فرهنگ‌ها از آن برای دفع ارواح شیطانی استفاده می‌کردند.‌

‌در حال حاضر از سیر برای کاهش میزان کلسترول و‌ ‌کاهش خطر بروز بیماری‌های قلبی - عروقی و نیز برای بهره‌مندی از خواص ضد میکروبی آن‌ ‌استفاده می‌شود.‌ ‌پیاز ریشه گیاه سیر مصرف پزشکی دارد.

از آن‌ ‌می‌توان به صورت تازه، خشک و یا روغن گرفته شده استفاده کرد. از آنجا که برخی‌ ‌ترکیبات مفید در این گیاه در اثر حرارت دیده غیر فعال می‌شوند، لذا سیر پخته قدرت‌ ‌طبی کمتری دارد.‌ ‌

سیر تاکنون در سطح وسیعی در آزمایش‌های بالینی بر‌ ‌روی حیوانات و انسان و در لوله آزمایش و در بررسی‌های اپیدمیولوژیک برای خواص‌ ‌چندگانه پزشکی آن مورد مطالعه قرار گرفته است. کیفیت آزمایش‌ها بر روی انسان متفاوت‌ ‌بوده است که مقایسه را در آزمایش‌های مختلف دشوار کرده است.‌ ‌در بسیاری از آزمایش‌های کلینیکی متنوع و اتفاقی‌ ‌تاثیرات سیر برروی سطح لیپید (چربی) مطالعه شده است.‌

‌در آزمایشاتی در سال‌های ۱۹۹۳‌ تا ۱۹۹۴‌ صورت‌‌ ‌گرفت، مشخص شد که مصرف سیر در کاهش سطح کلسترول خون نقش اساسی دارد. بر اساس‌ ‌توصیه‌های مهم کلینیکی، به بیماران گفته می‌شود که سیر تاثیر خفیف و کوتاه مدت در‌ ‌کاهش چربی خون دارد.‌ ‌سیر ظاهرا تاثیری بر متابولیسم داروها ندارد، اما‌ ‌بیمارانی که از داروهای ضد انعقاد استفاده می‌کنند، باید در مصرف سیر احتیاط کنند.‌‌

‌از این رو افرادی که جراحی می‌کنند باید ۷‌ تا ۱۰‌ روز پیش از جراحی از خوردن سیر‌‌ ‌خودداری کنند چرا که سیر زمان خونریزی را طولانی‌تر می‌کند.‌ ‌بیمارانی که سابقه ابتلا به بیماری ترومبوس (تشکیل‌ ‌لخته خونی در عروق یا قلب) را دارند باید بدانند که سیر می‌تواند تاثیر اندک اما‌ ‌مهم به روی تجمع پلاکت‌ها داشته باشد. به علاوه باید به بیماران توصیه شود که این‌ ‌گیاه خاصیت کاهش خطر ابتلا به سرطان بویژه سرطان معده و روده را دارد.‌ ‌