به علت نرخ اندک کوشش مالیاتی و میزان بالای فرار مالیاتی در کشور، در اواسط دهه ۱۳۶۰ اخذ مالیات بر ارزش افزوده مطرح شد. در سال ۱۳۶۶، لایحه مالیات بر ارزش افزوده به تصویب مجلس رسید که به صورت نیمه‌کاره و با تقاضای دولت از دستور کار مجلس خارج شد. با پیشنهاد دپارتمان امور مالی صندوق بین‌المللی پول در سال ۱۳۷۰ اجرای سیستم مالیات بر ارزش افزوده با هدف اصلاح نظام مالیاتی در دستور کار وزارت امور اقتصادی و دارایی قرار گرفت. هرچند که طبق بخشنامه گمرک کشور و با توجه به تبصره یک ماده ۲۰ قانون مالیات بر ارزش افزوده، از اول مهرماه سال جاری معادل ۵/۱ درصد به عنوان مالیات بر ارزش افزوده کالای وارده از مجموع حقوق ورودی به علاوه ارزش سیف کالا دریافت می‌شود اما مالیات بر ارزش افزوده هنوز در کشور به مرحله اجرا در نیامده است. به نظر می‌رسد نگرانی از آثار تورمی اجرای کامل مالیات بر ارزش افزوده و نیاز به بررسی پیامدهای آن مهم‌ترین دلیل چنین شکاف زمانی باشد. بنابر تجربه کشورهای دیگر درباره تورم‌زایی مالیات بر ارزش افزوده به وی‍ژه در کشورهای دارای تورم ساختاری، لازم است اعمال این نوع مالیات بدون شتابزدگی و به صورت تدریجی صورت پذیرد. مالیات بر ارزش افزوده در قالب سه روش تولید، درآمد و مصرف قابل اخذ است. روش اعتباری یا صورتحساب فروش رایج‌ترین ابزار دریافت مالیات بر ارزش افزوده است.

در این روش، میزان مالیات بر اساس کل صورتحساب‌های فروش (فاکتور) و با کسر مقدار مالیات پرداختی برای خریدهای واسطه‌ای محاسبه می‌شود. البته روش تفریقی نیز برای دریافت این نوع مالیات به کار می‌رود که در آن هزینه خرید اقلام از درآمد حاصل از فروش آنها کسر و نرخ مالیاتی اعمال می‌شود. اخذ مالیات بر ارزش افزوده با لایه تولید آغاز و به لایه توزیع ختم می‌شود؛ یعنی مالیات بر ارزش افزوده از فرایند تبدیل ماده خام و اولیه شروع می‌شود و در حلقه توزیع خرده‌فروشی خاتمه می‌یابد. بدین‌سان آثار توزیعی مالیات بر ارزش افزوده بنابر نوع کالا می‌تواند متفاوت باشد. به عبارت دیگر، دولت می‌تواند با اعمال نرخ‌های بالاتر برای کالاهای مختص دهک‌های بالای درآمدی و نرخ پایین‌تر برای کالاهای غیرتجملی و غیرلوکس، از دهک‌های پایین درآمدی، مالیات کمتری اخذ کند. از این طریق می‌توان بنا به نوع کالا از افراد غنی‌تر مالیات بیشتری گرفت به این صورت که درصد مالیات بیشتری روی کالاهای تجملی و لوکس که بیشتر مورد تقاضای دهک‌های بالای درآمدی است، وضع نمود و در عوض مالیات کمتری از درآمدهای پایین گرفت. علاوه بر این می‌توان با پیاده‌سازی سیستم مالیات بر ارزش افزوده محدوده اخذ مالیات و کوشش مالیاتی را گسترش داد و از این رو از فرار مالیاتی در کشور کاست.

از طرف دیگر اگر مالیات بر ارزش افزوده جایگزین مالیات بر درآمد شود، توان افزایش پس‌انداز در سطح ملی را خواهد داشت که به افزایش سرمایه‌گذاری می‌انجامد. ضمن اینکه با اعمال مالیات بر ارزش افزوده، تجارت بین‌المللی بر مبنای شفافیت صورت می‌گیرد. با وجود پیامدهای مثبت بالا، مالیات بر ارزش افزوده پتانسیل ایجاد تورم را نیز دارد و آثار توزیعی، تخصیصی و درآمدی آن باید با دقت بیشتری بررسی شود. چون بسیاری از کالاها و خدمات که قبلا مشمول مالیات نبوده‌اند در سیستم مالیات بر ارزش افزوده مشمول آن می‌شوند، بنابراین می‌توان انتظار داشت که اعمال به ویژه یکباره و فراگیر مالیات بر ارزش افزوده به تشدید تورم بینجامد. طبق تجربیات جهانی، کارشناسان نرخ ۷ درصد را برای این نظام مالیاتی پیشنهاد داده‌اند که باعث افزایش قیمت‌ها برای مصرف‌کننده در حد ۱‎/۵ درصد می‌شود. منتهی باید توجه کرد که در شرایط کنونی، اقتصاد ایران تورم بالای ۲۰ درصد را تجربه می‌کند و در آینده نزدیک قرار است به دنبال اجرای طرح تحول اقتصادی دولت، یارانه‌ها به صورت نقدی پرداخت شوند. انتظار می‌رود آثار تورمی مالیات بر ارزش افزوده بسیار بیشتر از رقم پیش‌گفته باشد. به این ترتیب آثار توزیعی مثبت این نوع مالیات نیز خدشه‌دار می‌شود؛ یعنی به جای اینکه مالیات بر ارزش افزوده به بهبودی توزیع درآمد کمک کند، وضعیت آن را بدتر خواهد کرد.

البته اجرای یکباره و فراگیر مالیات بر ارزش افزوده نسبت به اجرای مرحله‌ای، لایه‌ای، بخشی و تدریجی آن، آثار تورمی شدیدتری به همراه دارد. به دیگر سخن بهتر است اعمال مالیات بر ارزش افزوده به صورت طیفی و تدریجی باشد. با وجود اینکه در لایحه مالیات بر ارزش افزوده ۴۸درصد سبد مصرفی متوسط خانوار ایرانی از مالیات معاف هستند و قانون تجمیع عوارض و دیگر مالیات‌های غیرمستقیم حذف می‌شوند باز هم اجرای چنین مالیات باید با مطالعه دقیق‌تر و جامع‌تری تحقق پذیرد. به ویژه هنگام اجرای مالیات بر ارزش افزوده، بار مالیاتی به دوش مصرف‌کننده خواهد بود و آثار رفاهی چنین اثری باید مورد توجه قرار گیرد. در صورتی که ساختارهای اقتصادی امکان تعدیل شاخص‌های قیمتی را برای بنگاه‌ها به صورت مکرر و بیش از حد (Overindexation) به وجود آورند، مصرف‌کنندگان زیان مضاعفی را متحمل خواهند شد.